El Puerto de São Sebastião es administrado por la Companhia Docas de São Sebastião, una compañía vinculada al Secretario de Estado de Logística y Transporte de São Paulo. Es una delegación federal ante el gobierno del estado de São Paulo, siendo, por lo tanto, un puerto público.
Cuenta con un entorno natural que lo coloca como la tercera mejor región portuaria del mundo.
Los principales productos de importación son: cebada, sulfato de sodio, malta, cebada, trigo, productos de acero, maquinaria y equipo, bobinas de alambre de acero y carga general. Exportación: vehículos, repuestos, maquinaria y equipo, vitualhas, productos de acero y cargas generales.
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